基于GPL软件的小型生物实验室计算服务解决方案

针对小型实验室特点和实际需要,提出并实现一个以服务器-客户机模式,涵盖web服务,生物序列分析,生物芯片数据分析,实验数据统计处理,文献服务等计算机辅助的通用解决方案。该解决方案已经应用在批量ESTs电子注释和寄生虫病分子诊断的靶序列筛选上。可作为小型实验室生物信息学基础设施部署。     

鸡源沙门氏菌(Salmonella)致病基因与致病性的相关性研究

为分析沙门氏菌分离株致病基因与致病性之间的关系,采集经分离鉴定的55株鸡源沙门氏菌,应用PCR方法检测毒力基因,通过小鼠致病试验检测致病性。结果显示,所检测的质粒毒力基因spvR、spvA、spvB、spvC、spvD,检出率均在60%以上;所检测的毒力岛毒力基因invH、sipA、sipB、sopA、sopD、avrA、hilA、iacP、prgK、ssaB、ssaQ、sifA、sseL、ssrA、ttrB、mgtC、misL、rmbA、rhuM、sugR、orf319、siiD、siiE、spi4H、sopB和pipC中,ttrB检出率最高,为92.73%,sifA检出率最低,为5.45%。55株分离株对小鼠均具有致病性,致死率为20%～100%;随机测定其中10株的半数致死量(LD_(50)),为4×10~7～3.18×10~8CFU/mL,毒力基因检出数量越多的分离株,其LD_(50)值越小,毒力越强。本研究结果揭示,鸡源致病性沙门氏菌分离株普遍携带毒力基因,其毒力基因与致病性之间呈现正相关,为深入研究沙门氏菌的致病机理提供基础数据。     

南宁吴圩国际机场两栖爬行动物初步调查

通过南宁吴圩国际机场对机场飞行区4类生境中两栖爬行类的调杏,记录到3目11科22种.较为丰富的两栖爬行动物种类和数量成为机场鸟类重要的食物源之一,吸引了捕食性鸟类前来栖息和觅食.分析了解两栖爬行动物情况,对于全面了解亚热带和北热带地区的机场鸟类的食物源和活动规律具有十分重要的意义.并提出建议在今后对于鸟撞防治研究应当开展对两栖爬行类作为鸟类食物源这方面的调查研究工作.     

广西昭平县七冲林区发现濒危珍稀动物--鳄蜥

鳄蜥 (Shinisauruscrocodilurus)隶属鳄蜥科 (Shin isauridae)鳄蜥属 (Shinisaurus) ,为独科独属独种 ,是我国特有的珍稀动物。 1 988年被列为国家一级保护动物 ,1 989年列入CITES附录I。我们于 2 0 0 2年 5月 ,在广西昭平县文竹镇七冲林区进行两栖爬行动物调查期间 ,曾在临江冲一小支流处目击一只鳄蜥 ,全长约 2 0cm ,趴在石头上 ,人未走近便跳入水中。该处海拔高度 60 0m ,为两小溪交汇处一小水潭 ,水潭面积约5m2 ,水深约 1m ,水流缓慢 ,水潭上方密布小树枝 ,潭边长有一些藤本和蕨类植物 ,有一大石头斜伸入水中。周围为茂密的常绿阔叶…     

广西12株狂犬病野毒株的g基因序列测定与分析

对广西12株狂犬病病毒株g基因全序列进行测序分析,结果显示广西毒株属于Ⅰ型,可分为3个群,即Ⅰ群、Ⅱ群和Ⅲ群.GX01、GX08、GX09、GX014、GX091、GX195、GX260、GXLA 8株为Ⅰ群,GX219、GX074、GXBM 3株为Ⅱ群,GXN119株为Ⅲ群.Ⅰ群的广西毒株g基因核苷酸的同源性为97.6%～99.9%,氨基酸同源性在97.7%～100%之间;Ⅱ群的核苷酸的同源性为98.2%～99.0%,氨基酸的同源性在98.5%～99.2%之间.糖蛋白在主要的抗原位点GⅠ、GⅡ区以及与中和抗原有关的36、263、367位氨基酸没有变异,GⅢ区上只有Ⅱ群在332位缬氨酸变异为异亮氨酸,G蛋白上的氨基酸主要在-2、-5、-13、-14、-15、-16、90、96、132、140、156、168、170、204、241、249、253、264、289、332、382、427、436、445、463、474位共26个氨基酸发生了变异,这些氨基酸的变异具有群的特异性.     

病毒诱导I型干扰素产生的机制

病毒的病原体相关分子模式被细胞的相关受体识别后,分别经过Toll样受体途径和核酸结合蛋白途径进行信号转导,启动β-干扰素的转录和合成。从感染细胞分泌的β-干扰素与细胞膜上I型干扰素共有的受体结合后,经Jak/STAT信号途径刺激细胞产生一系列具有抗病毒效应的的干扰素刺激因子。干扰素调节因子7作为一种干扰素刺激因子在启动随后的α-干扰素转录中起着重要作用。α、β-干扰素的产生进一步放大了产生干扰素刺激基因的信号,形成一个正反馈回路,加强了免疫应答的强度和延长免疫应答的时间。     

中国鸟类亚种新记录——黑冠黄鹎

2010年12月和2011年4月,分别在广西西北部百色市右江区和靖西县古龙山自然保护区拍摄和观察到黑冠黄鹎(Pycnonotus flaviventris)的johnsoni亚种.其喉部为红色,与中国其他记录亚种区别明显,属中国鸟类亚种的新记录.该文亦初步讨论了该亚种的分类和分布.     

奥尼罗非鱼胃肠道中肥大细胞的分布特征

本研究采用改良甲苯胺蓝染色法探讨了奥尼罗非鱼(Oreochromis niloticus ♀×O. aureus♂)胃肠道肥大细胞的分布及其形态特点。结果发现,经甲苯胺蓝染色的肥大细胞其核着深蓝色,颗粒被染成紫红色,着色深浅不一。肥大细胞大小不一,形态各异,呈圆形、椭圆形或梭形、菱形,散在或集中分布在黏膜层固有膜和黏膜下层,尤其常见分布于小血管周围。经统计,肥大细胞在奥尼罗非鱼的胃、幽门盲囊、后肠、前肠、中肠的数量依次减少。胃和幽门盲囊内肥大细胞数量显著高于前肠和中肠(P0.05),与后肠无显著差异;前肠、中肠和后肠内肥大细胞数量并无明显差别。     

一株鸭源传染性支气管炎病毒的分离鉴定及结构蛋白基因和血清型分析

【目的】对从广西某鸭场发生呼吸道感染的11天龄樱桃谷肉鸭分离到的病毒株进行鉴定,并探索此鸭源病毒分离株的遗传变异情况。【方法】通过血凝试验、鸡胚接种实验、3?端非编码区(3'UTR)基因扩增与序列测定对分离株进行鉴定,并对该分离株的结构基因S1、E、M和N分别进行序列测定以及相似性、系统进化树分析和血清型鉴定。【结果】血凝试验为阴性,接种鸡胚盲传5代后出现侏儒胚,3?UTR基因测序结果表明为传染性支气管炎病毒(IBV)序列。该分离株S蛋白的裂解位点为RRSRR,S1、E、M和N基因与IBV毒株H120、4/91、LTD3核苷酸相似性分别为:78.6%–99.7%、85.4%–100.0%、91.6%–93.2%、86.7%–91.7%。除N基因存在点突变外,S1、E和M基因均存在氨基酸的突变、插入和(或)缺失。系统进化树分析显示,其S1基因属于4/91型,E、M和N基因均为LDT3型。血清型分析表明,该分离株的血清型不同于疫苗株H120和4/91。【结论】此鸭源病毒分离株为IBV,且该分离株的基因型与血清型均发生了变异。本研究结果暗示禽类传染性支气管炎的防控面临着更严峻的挑战。     

“两广二号”家蚕抗病毒基因Bmlipase-1和BmSP-2克隆与原核表达

本研究以优良杂交品种"两广二号"家蚕为试材,克隆了该杂交品种家蚕两个抗家蚕核型多角体病毒(BmNPV)基因:脂肪酶基因Bmlipase-1和丝氨酸蛋白酶基因BmSP-2,测序并分别与不同品种蚕的同源基因序列进行比较。结果显示,"两广二号"家蚕Bmlipase-1基因ORF长度为885bp,编码294个氨基酸,BmSP-2扩增长度为855bp,编码284个氨基酸;它们的核苷酸和推导氨基酸序列同源性皆达92%以上,Bmlipase-1更保守,同源性大于99%";两广二号"家蚕的Bmlipase-1基因脂肪酶活化部位和BmSP-2基因酶催化三联体位点的氨基酸残基与不同品种蚕的完全相同。以上结果说明这两个抗病毒基因在蚕的遗传进化过程中高度保守,提示其可能在机体消化或者免疫防御方面起着重要生理作用。将这两个抗病毒基因在大肠杆菌BL21中进行融合表达,获得的融合Bmlipase-1和BmSP-2蛋白分子量分别为47kD和42kD左右。